Les missions et actions des écoles doctorales sont régies par l'arrêté du 7 août 2006 relatif à la formation doctorale :
"Les écoles doctorales organisent la formation des docteurs et les préparent à leur insertion professionnelle."
Elles "mettent en oeuvre une politique de choix des doctorants fondée sur des critères explicites et publics (...) organisent, dans le cadre de la politique des établissements, l'attribution des financements qui leur sont dévolus".
Elles s'assurent de la qualité de l'encadrement des doctorants, organisent les échanges scientifiques et intellectuels entre doctorants (...) proposent aux doctorants des formations utiles à leur projet de recherche et à leur projet professionnel, ainsi que les formations nécessaires à l'acquisition d'une culture scientifique élargie (...). Elles définissent un dispositif d'appui à l'insertion professionnelle des docteurs (...). Organisent un suivi de l'insertion professionnelle des docteurs et, plus généralement, de l'ensemble des doctorants qu'elles ont accueillis. (...). Elles apportent une ouverture européenne et internationale."
Chaque équipe de recherche de l'université Cergy-Pontoise est rattachée à l'une des trois écoles doctorales que compte l'établissement :