L'IED est une structure administrative de l'université de Cergy-Pontoise. Il est dirigé par un enseignant-chercheur. Le directeur de l'IED est nommé par le Président de l'université après avis des directeurs des écoles doctorales. Son mandat se termine à la fin du contrat quadriennal.
Le directeur est assisté d'un bureau qui est composé :
Le bureau se réunit physiquement au moins une fois l'an, à l'automne, pour examiner les comptes et le budget prévisionnel de l'IED. L'IED est placé sous la responsabilité administrative du Service Développement de la Recherche et Valorisation (SDRV) de l'université.
